Klášter benediktinů Na Slovanech s kostelem P. Marie, sv. Jeronýma, Cyrila a Metoděje, Vojtěcha a Prokopa byl založen v roce 1347 a vysvěcen roku 1372. Jednalo se o jedno z nejzávažnějších klášterních založení Karla IV. Byl zamýšlen jako obnovené centrum slovanské církevní vzdělanosti, navazoval na domácí tradici a šířil věrouku ve slovanském jazyce mezi okolní české obyvatelstvo. V klášterním ambitu se nachází rozsáhlý a jedinečný cyklus nástěnných maleb, tzv. Emauzský cyklus, pravděpodobně z 60. a 70. let 14. století. Za vlády Rudolfa II. byl klášter s kostelem rekatolizován a barokně upraven. V letech 1880–1890 byl celý areál přestavěn v duchu beuronské novogotiky. Před válkou byl klášter začleněn do nového urbanistického řešení nábřeží a svahu pod Emauzy, realizovaného architektem Bohumilem Hypšmanem. V červenci roku 1941 byl klášter nacisty uzavřen a řeholníci vypuzeni; sídlil v něm Pozemkový úřad a později německý Červený kříž. V areálu kláštera se nachází rovněž barokní jednolodní kaple sv. Kosmy a Damiána z let 1657–1659.
Po náletu 14. února 1945 se stal emauzský klášter symbolem válečných ztrát na památkách v Praze. Severní věž kostela byla úplně zničena, jižní věž vyhořela, kostelní klenba se ze dvou třetin zřítila, klášter byl velmi těžce poškozen požárem, a to včetně cenných nástěnných maleb v křížové chodbě.
Na rozdíl od mnoha jiných fotografů, kteří zkázu Emauz zachytili bezprostředně po náletu (např. Sláva Štochl, Stanislav Maršál , Jelena Látalová, Eugen Wiškovský, řada anonymních reportážních a agenturních fotografů), se Josef Sudek zničené památce věnoval později (zřejmě v květnu nebo v druhé polovině roku 1945), zato však důkladněji. Zachytil jak celek areálu v pohledu od Palackého mostu a od severu z dnešní ulice Na Moráni, tak v rozličných exteriérových detailech (např. s kaplí sv. Kosmy a Damiána). Ještě pozorněji se věnoval interiéru staveb (ambit, rajský dvůr, kapitulní síň, interiér kostela, Císařská kaple atd.), v nichž byl zaujat chaosem ruin, zničeného nábytku a známek pokusů o první opravy, či pouze hrou dovnitř pronikajícího světla. Toto zaujetí je možné pozorovat i na jiných Sudkových pracích ze sakrálního prostředí, zejména v cyklu Sv. Vít (1928), ale také ze snímků stejného chrámu ze 40. let či fotografií moderního kostela sv. Václava ve Vršovicích z let třicátých.
Benediktini se do kláštera vrátili už 9. května 1945, v následujícím roce probíhalo odklízení trosek. V roce 1950 byli však řeholníci opět vyhnáni. Od padesátých let probíhaly opravy areálu, které v letech 1964–1968 završila výstavba nových kostelních věží navržených architektem Františkem Mariou Černým. Černý vytvořil novotvar v podobě průniku betonových, přibližně trojúhelníkovitých skořepin s pozlacenými hroty, s možnou náboženskou symbolikou (dvě zkřížené andělské perutě), který se stal dominantou při pohledu na Rašínovo nábřeží ze smíchovské strany Vltavy. Za minulého režimu sídlila v areálu Akademie věd, roku 1990 byl navrácen benediktinům.